Presencia de estafilococos coagulasa positiva ambientales, su relación clonal, factores de resistencia y habilidad para formar biopelícula / Presence of environmental coagulase-positive staphylococci, their clonal relationship, resistance factors and ability to form biofilm

Coagulase-positive staphylococci (CoPS) are opportunistic pathogens carrying various mechanisms of resistance that have a large number of virulence factors, and whose ability to induce illness is associated with the host. This study aimed to investigate the presence of environmental coagulase-positive staphylococci, their susceptibility profile, clonal relationship and ability to form biofilm. The 16S rRNA genes from CoPS isolates were analyzed, and their antibiotic susceptibility was evaluated using the agar dilution method in accordance with Clinical and Laboratory Standards Institute guidelines. The clonal profile was obtained by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and biofilm formation was measured by a crystal violet retention assay. A total of 72 Staphylococcus spp. strains were isolated from air, metal surfaces, and nostrils from humans, dogs, cats, and birds. Three species were identified: Staphylococcus aureus (17%), Staphylococcus intermedius (63%), and Staphylococcus pseudintermedius (21%). Ninety three percent (93%) of the strains were resistant to at least one of 13 tested antibiotics. S. pseudintermedius strains were the only resistant ones to methicillin while most of these isolates were multidrug-resistant, had significantly higher ability to form biofilm and PFGE grouped into seven different patterns, without showing clonal dispersion among animals and environmental isolates. This study suggests that dogs, cat, and air are environmental sources potentially carrying multidrug-resistant S. pseudintermedius, which survives in different environments through biofilm formation and multidrug resistance, characteristics that can be transmitted horizontally to other bacteria and exacerbate the problem of antibiotic resistance in humans.

Los estafilococos coagulasa-positiva (CoPS) son patógenos oportunistas, portan varios mecanismos de resistencia, tienen un gran número de factores de virulencia y su capacidad para inducir la enfermedad está asociada con el hospedero. El objetivo de este estudio fue investigar la presencia de CoPS en el medio ambiente, su perfil de sensibilidad a los antibióticos, su relación clonal y su capacidad para formar biopelícula. De los aislamientos de CoPS se analizaron los genes 16S ARNr y se evaluó la sensibilidad a los antibióticos mediante el método de dilución en agar según el CLSI. El perfil clonal se obtuvo por electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE) y la formación de biopelícula se analizó por retención de cristal violeta. Se aislaron 72 cepas de Staphylococcus spp. a partir de aire, superficies metálicas y narinas de humanos, perros, gatos y aves. Se identificaron tres especies: Staphylococcus aureus (17%), Staphylococcus intermedius (62%) y Staphylococcus pseudintermedius (21%). El 93% de las cepas fueron resistentes al menos a uno de 13 antibióticos probados. Los aislamientos de S. pseudintermedius fueron los únicos resistentes a meticilina y la mayoría fueron resistentes a múltiples fármcos, tuvieron una capacidad significativamente mayor para producir biopelícula y la PFGE los agrupó en 7 diferentes patrones, sin mostrar dispersión clonal entre los aislamientos de animales y de medio ambiente. Este estudio sugiere que los perros, los gatos y el aire son fuentes ambientales potencialmente portadoras de S. pseudintermedius resistente a múltiples antibióticos. Este agente sobrevive en diferentes entornos en virtud de la formación de biopelículas y la resistencia a múltiples antibióticos, características que pueden transmitirse horizontalmente a otras bacterias y, por ende, exacerbar el problema de la resistencia a los antibióticos en humanos.

Análisis in silico de proteínas potencialmente involucradas en la biogénesis de fimbrias en Helicobacter pylori / In silico analysis of proteins potentially involved in fimbrial biogenesis in Helicobacter pylori

Introducción. La colonización e infección crónica por Helicobacter pylori es el factor de mayor contribución al desarrollo de cáncer gástrico. Se ha descrito un gran repertorio de adhesinas que contribuyen a la adaptación específica de la bacteria al nicho gástrico y, para H. pylori , al igual que en otras bacterias patógenas, la formación de biopelícula es fundamental en la supervivencia a ambientes no favorables. Las fimbrias o pili tipo IV son responsables de la adhesión de diversas bacterias patógenas ( Escherichia coli , Pseudomonas aeruginosa y Vibrio cholerae) a distintas superficies. El objetivo de este trabajo fue identificar y analizar genes que pudieran codificar para proteínas involucradas en la biogénesis de fimbrias en H. pylori y caracterizar su expresión durante la formación de biopelícula. Métodos. Se emplearon herramientas bioinformáticas y moleculares, tales como la base de datos del NCBI para la búsqueda de secuencias de proteínas relacionadas con la biogénesis de fimbrias, así como la herramienta de PSI BLAST. Los alineamientos múltiples se realizaron con el programa T-COFFEE y HMMER. La predicción de las estructuras secundarias se realizó con ANTHEPROT y las estructuras terciarias se predijeron con el programa I-TASSER. Resultados. Se identificaron dos homólogos, jhp0257 y HP0272, de la proteína PilN de Campylobacter rectus y Xilella fastidiosa , la cual es parte de la maquinaria del ensamble de la fimbria tipo IV. Asimismo, las proteínas jhp0887 y HP0953 presentaron homología a nivel del péptido señal de PilA de P. aeruginosa , y la proteína HP0953 se sobreexpresó durante la formación de la biopelícula. Conclusiones. H. pylori posee proteínas homólogas a las proteínas de familias fimbriales, específicamente PilN y PilA, que ensamblan fimbria tipo IV en otras bacterias. Esta última tiene un nivel de expresión mayor durante la etapa inicial del proceso de formación de biopelícula.

Background. Colonization and chronic infection with Helicobacter pylori is the major contributing factor to the development of gastric cancer. A large repertoire of adhesins has been described that contribute to the adaptation of bacteria to a specific gastric niche. As in other pathogenic bacteria, H. pylori biofilm formation is central to survival on unfavorable environments. Type IV pili or fimbriae are responsible for the adhesion of many pathogenic bacteria (e.g., Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa and Vibrio cholerae ) to various surfaces. The aim of this study was to identify and analyze genes that might encode proteins involved in the biogenesis of fimbriae on H. pylori and characterize their expression during biofilm formation. Methods. PSI BLAST, bioinformatics and molecular tools were used as well as the NCBI database search for sequences related to protein biogenesis of fimbriae. Multiple alignments were performed using the HMMer and T-COFFEE programs. The secondary structure prediction was performed with ANTHEPROT and the tertiary structures were predicted with the I-Tasser. Results. We identified two counterparts-jhp0257 and HP0272-from protein of Campylobacter rectus and PilN Xilella fastidiosa , which is part of the machinery of assembly type IV fimbria. Similarly, proteins jhp0887 and HP0953 show homology from peptide PilA level of P. aeruginosa , and the HP0953 protein is overexpressed during the formation of the biofilm. Conclusions. H. pylori possesses proteins homologous to fimbrial protein families, specifically PilN and PilA, which join type IV fimbriae in other bacteria. The latter has a higher expression level during the initial stage of the formation of biofilm.

Resistencia a linezolid en Staphylococcus aureus resistente a meticilina y enterococos con elevada resistencia a aminoglucósidos en un hospital pediátrico de tercer nivel / Resistance to linezolid in methicillin-resistant Staphylococcus aureus and Enterococcus with high-level resistance to aminoglycosides in a third-level pediatric hospital

Introducción: El surgimiento de resistencia a oxazolidinonas en Staphylococcus aureus resistentes a meticilina (SAMR) y Enterococcus spp con elevada resistencia a aminoglucósidos (EERA), aún cuando no han sido expuestos al antibiótico, es una de las principales razones para el control en el uso clínico de estos antibióticos. Métodos: Se estudiaron 95 cepas de SAMR y EERA, las cuales fueron aisladas de enero 2003 a diciembre 2007 en el Hospital Infantil de México Federico Gómez; se identificaron por pruebas convencionales. Se evaluó la susceptibilidad a diversos antimicrobianos incluyendo linezolid de acuerdo al Instituto de Estándares Clínicos y de Laboratorio (CLSI). Se comprobó la elevada resistencia a aminoglucósidos al amplificar los genes aac(6')-le, aph(2")-la y ant(6') en enterococos y el tipo de cásete cromosomal estafilocócico mee (SCCmec) asociado a la resistencia a meticilina en S. aureus, por técnicas moleculares previamente descritas. Resultados: Todas las cepas de SAMR mostraron el SCCmec tipo II. El 100% de los enterococos con fenotipo EERA mostraron genes asociados con los niveles elevados de resistencia a aminoglucósidos. El 12% (6/50) de EERA presentó valores intermedios a linezolid (concentración inhibitoria mínima (CIM) de 4 μg/mL) y sólo una cepa fue resistente (CIM 128 μg/mL); un aislamiento fue resistente a vancomicina fenotipo y genotipo van A, pero sensible a linezolid. El 2.2% (1/45) de los SAMR fue resistente a linezolid (CIM 8 μg/mL). Conclusión: Linezolid es una opción terapéutica de gran valor clínico. Sin embargo, son necesarios monitoreos continuos para conocer el riesgo de surgimiento de cepas resistentes y establecer lineamientos en el uso apropiado del antibiótico.

Background: The emergence of resistance to the oxazolidinones by methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and high-level aminoglycoside-resistant (HLRA) Enterococcus spp not exposed is one of the main reasons for control of the clinical use of these antibiotics. Methods: We studied 95 strains of MRSA and HLAR, which were isolated from January 2003 to December 2007 at the Hospital Infantil de México Federico Gómez. The strains were identified by conventional tests. Antimicrobial susceptibility was evaluated for several antimicrobial agents including linezolid according to the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). The high resistance to aminoglycosides was tested by amplification of genes aac (6')-/e, aph (2")-and ant (6') in enterococci. Staphylococcal cassette chromosomal mec (SCCmec) associated with MRSA was identified by molecular techniques described previously. Results: All MRSA strains showed SCCmec type II, and 100% of enterococci strains with phenotype HLAR showed genes associated with high-level aminoglycoside resistance; 12% of HLAR enterococci strains showed intermediate values to linezolid (MIC 4 μg/mL) and only one strain was resistant (MIC 128 μg/mL). Of the MRSA strains, 2.2% were resistant to linezolid (MIC 8 μg/mL). Conclusion: Linezolid is a clinically valuable option as a form of therapy. However, continuous surveillance is necessary to determine the emergent risk of resistance strains and to establish guidelines for appropriate use.